La péninsule malaise subit très tôt l’influence de l’Inde, qui devient prépondérante vers le Ier siècle. Ses négociants introduisent l’hindouisme et le bouddhisme et convertissent les princes malais. L’islam sera introduit dans le pays dès le VIIIe siècle, par des marchands commerçant dans l’océan indien, mais la plupart des conversions ont lieu à partir du XVe siècle.
La ville de Malacca, fondée vers le début du XVe siècle sur le détroit qui portera son nom, devient bientôt un important carrefour cosmopolite sur la Route des épices. En 1511, les Portugais s’emparent de Malacca. Ils en seront évincés par les Hollandais en 1641.
Les XVIe et XVIIe siècles connaissent l’essor des sultanats dont la religion est, comme à Sumatra ou à Malacca, l’islam. L’unité culturelle qui s’affirme dans la péninsule malaise ne s’accompagne pas d’une unification politique, chacun des sultans demeurant attaché à son indépendance.
Les Britanniques, en quête de relais sur la route maritime d’Extrême-Orient, s’installent d’abord dans l’île de Penang, cédée par le sultan de Kedah en 1786, puis à Malacca, qu’ils prennent aux Hollandais en 1795 à la faveur des guerres napoléoniennes (et gardent après 1814), enfin dans l’île de Singapura, la "cité du lion" (Temasek en malais), à l’extrême Sud de la péninsule. Ces trois comptoirs, où s’installent de nombreux Chinois, reçoivent des Britanniques une administration coloniale. L’ensemble constituera les "Établissements du Détroit" (Straits Settlements).
En 1824, Britanniques et Hollandais signent un traité qui partage la péninsule en sphères d’influence. De 1867 à 1914, la présence britannique s’étend à tous les sultanats malais. Londres parvient progressivement à placer un "Résident" auprès de chacun des sultans des États du Sud, puis de ceux du Nord. Certains sultanats seront groupés dans une Fédération, créée en 1891.
Durant la domination britannique, la péninsule malaise connaît un développement économique significatif. Fondé principalement sur l’extraction de l’étain et sur la culture de l’hévéa, il s’accompagne d’une immigration massive, en provenance de Chine et d’Inde. La ville de Kuala Lumpur est ainsi fondée en 1857 par des Chinois venus y exploiter le minerai d’étain.
Pendant la Seconde guerre mondiale, la Malaisie est rapidement envahie et occupée par les troupes japonaises (1942-1945). Celles-ci s’en prennent durement aux Chinois, dont beaucoup vont rejoindre les maquis communistes dans la jungle.
Après la capitulation du Japon, les Britanniques reprennent le contrôle du pays. Ils obligent les sultans à se défaire de leurs droits souverains. En 1946, ils annoncent que Singapour restera une colonie de la Couronne tandis que Penang et Malacca, seront réunis à une "Union malaisienne". Les sultans sont dans ce projet dépouillés de toute autorité politique et une citoyenneté unique est créée, ce qui, donnant aux Chinois droit de cité, ne manque pas de susciter une forte résistance de la part des Malais. C’est l’origine du parti UMNO (United Malays National Organisation). Les Britanniques proposent ensuite, en vue de préparer le pays à l’indépendance, une formule qui entre en vigueur le 1er février 1948 : le pouvoir est partagé par des "États" (les 9 sultanats et les ex-Établissements du Détroit) et un gouvernement fédéral. La formule reconnaît les droits historiques des sultans ; la citoyenneté ne peut être acquise par des non-Malais que sous de sévères conditions. Le projet se heurte à l’opposition de la communauté chinoise. La lutte armée menée par les communistes gagnant du terrain, les Britanniques proclament bientôt l’état d’urgence, le 12 juillet 1948. Il ne prendra fin qu’ après l’indépendance, le 1er août 1960.
En 1955, la Grande-Bretagne convient d’accorder la pleine indépendance à la Malaisie dans un délai de deux ans, étant entendu que celle-ci restera dans le Commonwealth et la Zone sterling et conclura avec Londres un accord de défense permettant aux forces britanniques de stationner sur le territoire. L’autorité des sultans est maintenue, la "position spéciale" des Malais garantie, l’islam reconnu comme religion officielle. En contrepartie, les Chinois (qui, plus nombreux que les Malais, forment à l’époque près de la moitié de la population) et les Indiens obtiennent la citoyenneté malaisienne. C’est le "contrat social" sur lequel repose la nouvelle nation.
Le 31 août 1957, la Malaisie proclame son indépendance (Merdeka). Abdul Rahman, le chef de l’UMNO, devient Premier ministre. Le gouvernement est soutenu par l’alliance, au parlement, des partis qui s’identifient aux trois grandes communautés du pays : Malais, Chinois et Indiens. Cette coalition (aujourd’hui "Barisan Nasional") s’est maintenue au pouvoir sans discontinuer jusqu’à présent.
La Constitution de 1957 fait de la Malaisie une monarchie constitutionnelle et parlementaire, sur le modèle britannique, mais dans un cadre fédéral. L’autorité royale est détenue à tour de rôle, pour cinq ans, par l’un des neuf sultans, qui porte le titre de "Yang di-Pertuan Agong". Le Premier ministre, responsable devant une Chambre des députés élue au suffrage universel, est le vrai chef du gouvernement. Chacun des États membres de la Fédération (les neuf sultanats et les ex-Établissements) est doté de son assemblée et de son exécutif.
A partir de 1959-60 se pose la question de l’élargissement de la Fédération, à l’occasion de l’accession à l’indépendance des territoires du Nord de Bornéo sous domination britannique : Sabah, Sarawak et Brunéi. Seuls les deux premiers s’adjoignent, le 16 septembre 1963, aux douze États de la Fédération (qui prend le nom de "Malaysia" en anglais). Toutefois, le 9 août 1965, Singapour se retire de la Fédération (avec laquelle il entretenait des relations difficiles) pour devenir une république indépendante.
Le 13 mai 1969, à la suite de la victoire de candidats chinois d’opposition aux élections à Kuala Lumpur, des nationalistes malais se livrent à des violences contre les Chinois, manquant de provoquer une guerre civile. Le Premier ministre doit accepter l’état d’urgence, la suspension du parlement et la mise en place d’un "conseil national des opérations".
En septembre 1970, après la démission d’Abdul Rahman, Abdul Razak devient chef de l’UMNO et Premier ministre. Il préside à l’édification d’un système de discrimination positive en faveur des Malais et des communautés indigènes du pays (regroupés sous l’appellation de Bumiputras, "fils du sol ») : la NEP, Nouvelle Politique Économique. Après une mort soudaine en janvier 1976, son beau-frère Hussein Onn, vice-Premier ministre, lui succède.
Mahathir Mohamad parvient au poste de Premier ministre le 16 juillet 1981 qu’il occupe jusqu’au 1er novembre 2003, date à laquelle il remet la conduite des affaires à Abdullah Badawi, Vice-Premier ministre. Cette époque est marquée par la personnalité du Premier ministre. Mahathir réussit, en s’appuyant sur les revenus des ressources pétrolières et gazières et sur l’essor des industries manufacturières (électronique, automobile), à transformer la Malaisie en pays émergent. Il parvient, par des méthodes étatistes, à limiter les effets de la crise financière qui frappe l’Asie en 1997-1998. À la même époque, il se sépare de son Vice-premier ministre, Anwar Ibrahim, lequel est condamné et emprisonné pour sodomie et corruption.
Les élections générales du 21 mars 2004 marquent le triomphe de la coalition Barisan Nasional (90% des sièges au parlement) et d’Abdullah Badawi. L’opposition est réduite à 20 députés.
Néanmoins, et ce malgré la poursuite du développement économique, la hausse des prix et des mouvements populaires de protestation sévèrement réprimés se traduisent, aux élections du 8 mars 2008, par un désaveu de l’UMNO et de la coalition Barisan Nasional pour lesquels ce scrutin marque un tournant. Bien qu’il conserve la majorité à la Chambre des députés et qu’Abdullah Badawi soit reconduit comme Premier ministre, les trois partis de l’opposition réalisent une percée significative qualifiée de "tsunami politique" (il s’agit du PKR d’Anwar Ibrahim, du PAS, islamiste, et du DAP, social-démocrate à dominante chinoise). L’opposition parlementaire administre cinq des treize États de la Fédération : Kedah, Kelantan, Penang, Perak et Selangor mais perd le contrôle du Perak, en 2009, après la défection de plusieurs députés.
Fragilisé par la montée de l’opposition, la perte de plusieurs états et des deux tiers des sièges à la chambre des députés, Abdullah Badawi est contraint à négocier un plan de transition. Son vice premier ministre, Najib Razak, est nommé Premier Ministre par le roi, le 3 avril 2009.
Najib Razak prend la direction du gouvernement dans un contexte politique et économique difficile. Afin de mettre la Malaisie sur la voie du renouveau, il annonce un programme de réformes ambitieux sous le slogan "’1Malaysia : People First, Performance Now".
En 2010, il s’engage à réaliser l’objectif fixé par Mahathir ("Vision 2020") : faire passer la Malaisie du statut de pays à revenu intermédiaire à celui de pays à haut revenu d’ici 2020. Le Nouveau Modèle Economique (NEM) qu’il présente est la composante théorique de cette Vision 2020. Najib Razak entreprend alors une réforme structurelle, tant sur le plan économique que social. Plusieurs programmes sont lancés (Economic Transformation Programme, Government Transformation Programme) articulés autour de projets de développement et d’objectifs prioritaires (lutte contre la corruption et la criminalité, éradication de la grande pauvreté...).
En 2011, le Premier Ministre s’engage à réformer certaines lois dites sécuritaires, héritées des heures difficiles de l’Indépendance (Loi sur la Sécurité Intérieure, Lois proclamant l’état d’urgence...). Après la manifestation pour des élections "libres et justes" (Bersih2.0), organisée en juillet 2011, Najib Razak met en place une commission parlementaire chargée de réformer le système électoral (le Premier Ministre est tenu d’organiser des élections législatives avant la date butoir de mars 2013).
